潔凈空調系統(tǒng)應按其所生產產品的工藝要求確定，一般不應按區(qū)域或簡單的按空氣潔凈度等級劃分。
1、空調系統(tǒng)劃分的原則如下：
（1）一般空調系統(tǒng)、兩級過濾的送風系統(tǒng)與潔凈空調系統(tǒng)要分開設置。
（2）運行班次、運行規(guī)律或使用時間不同的潔凈空調系統(tǒng)要分開設置。
（3）產品生產工藝中某一工序或某一房間散發(fā)的有毒、有害或易燃易爆物質可能會對其他工序或房間產生有害影響，或危害人員健康或產生交叉污染時，應分別設置潔凈空調系統(tǒng)。
（4）溫度、濕度的控制要求或精度要求差別較大的系統(tǒng)宜分開設置。
（5）潔凈空調系統(tǒng)的劃分宜照顧送、回風和排風管道的布置，盡量做到布置合理、使用方便，力求減少各種風管管道交叉重疊，必要時，對系統(tǒng)中個別房間可按要求配置溫度、濕度調節(jié)裝置。
2、潔凈空調設計計算的一般步驟
（1）根據工藝要求確定潔凈室的潔凈度等級，選擇氣流流型，并決定采用全室空氣凈化還是局部空氣凈化。相對來說，非單向流和局部空氣凈化投資較小，應盡量避免采用全室空氣凈化。設置空氣凈化范圍的原則：
a.全室空氣凈化是采用集中凈化空調系統(tǒng)在整個房間內造成具有相同潔凈度環(huán)境的凈化處理方式，這種方式適用于工藝設備高大，數量多，且室內要求相同潔凈度的場所。全室空氣凈化投資大、運行管理復雜、建設周期長，因此采用時必須謹慎，應盡量避免采用。
b.局部空氣凈化是采用凈化空調器或局部凈化設備(如潔凈工作臺、棚式垂直層流單元、層流罩等)，在一般空調環(huán)境中造成局部區(qū)域具有一定潔凈度環(huán)境的凈化處理方式。這種方式適用于生產批量較小或利用原有廠房進行技術改造的場合。
c.采用全室凈化與局部凈化相結合的凈化處理方式，既能保證室內具有一定潔凈度，又能在局部區(qū)域實現高潔凈度環(huán)境，從而達到滿足生產對高潔凈度環(huán)境的要求和節(jié)約能源的雙重目的。
（2）計算新風量，取下列兩項中的大者：
a.補償室內排風量和保持室內正壓值所需新鮮空氣量之和。
b.保證供給潔凈室內的新鮮空氣量不小于40M3/(h.人)。
（3）計算潔凈室的冷、熱和濕負荷。
（4）計算送風量，取下列三項中的大值：
a.為保證空氣潔凈度等級的送風量。
b.根據冷熱和濕負荷計算確定的送風量。
c.向潔凈室內供給的新風量。
（5）根據送風量、冷熱負荷和選擇的氣流組織形式，計算氣流組織和各參數。
（6）確定空氣加熱、冷卻、加濕、減濕等處理方案及回風方式（一次或二次回風）
（7）根據工藝要求或氣流組織計算時確定的送風溫差及室內外計算參數，確定各狀態(tài)點，計算空調器處理風量及潔凈室循環(huán)風量。
（8）計算總的冷、熱負荷，選擇空氣處理設備。
（9）校核潔凈室內的微粒濃度和細菌濃度。
3、室內的溫度和濕度
潔凈室內的溫濕度應滿足以下要求：
（1）舒適性要求。室內的溫濕度要滿足工作人員的舒適性要求。
（2）工藝要求。我國GMP規(guī)定：潔凈室（區(qū)）的溫度和相對濕度應與藥品生產工藝要求相適應。無特殊要求時，溫度控制在18～26℃為宜。不同的產品、物品以及生產工藝、工序，對生產環(huán)境溫度，濕度的要求各不相同。有的需要恒溫恒濕環(huán)境。